Kalkınma Kurulu, Ajansın danışma kuruludur. Bölgesel gelişme hedefine yönelik olarak; bölgedeki kamu kurum ve kuruluşları, özel kesim, sivil toplum kuruluşları, üniversiteler ve yerel yönetimler arasında işbirliğini geliştirmek ve Ajansı yönlendirmek üzere illerin dengeli şekilde temsilini sağlayacak bir yapı teşkil etmektedir. 19.08.2016 tarihli ve 29806 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan 2016/9112 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile “Kalkınma Ajansları Kalkınma Kurullarına Temsilci Gönderecek Kurum ve Kuruluşların Belirlenmesi ve Bazı Bakanlar Kurulu Kararlarında Değişiklik Yapılması Hakkında Karar”ın ekinde yer alan Kalkınma Kurulu Üye Listelerine ilişkin tablonun yürürlükten kaldırıldığı belirtilmektedir.
Söz konusu kararla birlikte mevcut Kalkınma Kurulu üyelikleri sonlandırılmıştır. Kamu kurum ve kuruluşları ile özel kesim ve sivil toplum kuruluşlarından seçilen Kalkınma Kurulu üyelik yapısı Kalkınma Bakanlığı tarafından yeniden oluşturulacaktır. Bu kararın uygulanmasıyla ilgili usul ve esasları belirlemeye, uygulamayı yönlendirmeye ve ortaya çıkabilecek tereddütleri gidermeye Kalkınma Bakanlığı yetkili kılınmıştır.
